Nama Pondok Pesantren Al-Madani terinsipirasi dari nama sebuah masjid di Pakistan yang pernah disinggahi oleh KH. Burhan Kholil dan H. Fuad Zarkasy. Setelah singgah dari masjid tersebut, keduanya sepakat ingin menamai Pondok yang akan didirikan setelah pulang dari Pakistan dengan nama Pondok Pesantren Al-Madani.

Nama Pondok Pesantren Al Madani diambil dari kata madaniyun yg artinya orang-orang kota, adapun makna ini lebih dimaksudkan kepada orang-orang Madinah di zaman Nabi Shallallaahu alaihi wa sallam. Nama Al-Madani diambil sebagai harapan pesantren agar kelak para santri menjadi Rijaalun Fii Asrihi sebagaimana para sahabat yg mendapat gelar Rodhiyallohu Anhum Waa Rodhu Anhu karna dibimbing dan dididik langsung oleh Baginda Rasulullah Shallallaahu alaihi wa sallam.