Pondok Pesantren adalah benteng terakhir bagi ummat untuk berlindung dari berbagai fitnah zaman, karena itu membangun sebuah Lembaga Pondok Pesantren adalah cara terbaik untuk menyelamatkan ummat di masa ini. Selain itu juga karna Pondok Pesantren adalah satu-satunya lembaga yg bisa menggabungkan Metode Baginda Nabi Shallallaahu alaihi wa sallam dalam membangun peradaban para sahabat. Yaitu Metode Da’wah Ilaallah, Ta’lim Wat Ta’lum, Dzikir Wal Ibadah, Dan Khidmat.
Cikal bakal Pondok Pesantren Al-Madani bermula pada tahun 1998, saat KH. Mukti Kholil (Alm.) 1 mengajar di Pondok Pesantren Daarul Huda, Purwasari. Namun dikarenakan latar belakang KH. Mukti yaitu alumni Pondok Modern Gontor yang menerapkan sistem pondok modern sedangkan Pondok Pesantren Daarul Huda yang beliau mengajar didalamnya menerapkan sistem pesantren Salafiyyah, maka beliau mendapati berbagai musykilaat, setelah itu beliau bertekad untuk membangun pesantren sendiri yang menerapkan perpaduan system pondok salafiyah dan pondok modern. Untuk mewujudkan tekad beliau, beliau membujuk adik kandung beliau sendiri KH. Burhan Kholil (alm.) untuk masuk Pondok Pesantren supaya kelak menjadi kader penerus pesantren.
Setelah adik kandung beliau, KH. Burhan Kholil menyelesaikan studinya di Pakistan, beliau kemudian membujuk ayahanda, H. Kholil (alm.)3 agar bersedia mewakafkan tanahnya untuk pesantren yg ingin beliau dirikan. Alhamdulillaah, ayahanda KH. Mukti pun mewakafkan tanahnya dan berpesan supaya semua putra putri beliau berkontribusi dalam mengembangkan pesantren baik dengan ilmu, pikiran atau harta. Keinginan KH. Mukti ternyata sejalan dengan cita – cita dan kerisauan abah4 H.Kholil yang ingin mendirikan tempat perjuangan bagi Putra dan putrinya setelah menyelesaikan studi di Pondok Pesantren.
Setelah kesepakatan tersebut, akhirnya pada tahun 1999 M. Pondok Pesantren Al Madani resmi didirikan oleh tiga orang putra abah H. Kholil yaitu KH. Mukti Kholil dan KH. Burhan Kholil sebagai pengasuh sekaligus pendidik di Pondok Pesantren, dan H. Juanda sebagai donatur tetap yg bertanggung jawab dalam pembangunan dan pengembangan fasilitas pondok.
Nama Pondok Pesantren Al-Madani terinsipirasi dari nama sebuah masjid di Pakistan yang pernah disinggahi oleh KH. Burhan Kholil dan H. Fuad Zarkasy. Setelah singgah dari masjid tersebut, keduanya sepakat ingin menamai Pondok yang akan didirikan setelah pulang dari Pakistan dengan nama Pondok Pesantren Al-Madani.
Nama Pondok Pesantren Al Madani diambil dari kata madaniyun yg artinya orang-orang kota, adapun makna ini lebih dimaksudkan kepada orang-orang Madinah di zaman Nabi Shallallaahu alaihi wa sallam. Nama Al-Madani diambil sebagai harapan pesantren agar kelak para santri menjadi Rijaalun Fii Asrihi sebagaimana para sahabat yg mendapat gelar Rodhiyallohu Anhum Waa Rodhu Anhu karna dibimbing dan dididik langsung oleh Baginda Rasulullah Shallallaahu alaihi wa sallam.
